昌吉回族自治州中醫醫院成立于1988年4月14日，它是在自治黨委及政府的關懷和支持下，全部用地方財力建設起來的。它占地33858平方米，總建筑面積21738.9平方米，是以中醫為主，西醫、中西醫結合三支力量齊備，集醫療、教學、科研、保健為一體的“三級乙等”中醫醫院，自治區小兒麻痹矯治手術、白內障復明、低視力復明定點醫院，新疆醫科大學實習醫院。

醫院有職能科室11個，臨床科室8個，醫技科室10個，設床220張，職工320人，專業技術人員占職工總數的84%，其中主任、副主任醫師24名，主治（管）醫、藥、護、技師80名，年門診量12萬人次。

醫院現有固定資產近2000萬元，擁有日本島津5000TX全身CT機，美國產電視腹腔鏡、前列腺激光治療儀、美國惠普HX彩色多普勒超聲診斷儀、白內障超聲乳化治療儀、全自動生化分析儀、潘太克斯電子胃鏡、FX心臟檢測工作站、24小時全息動態心電圖儀、動態血壓監測儀、血液透析機、體外震波碎石機、高壓氧艙等各類中高檔醫療設備56臺（件），為正確診斷和治療創造了條件。

醫院在建設和發展中以鄧小平建設有中國特色社會主義理論為指導，堅持實事求是，一切從實際出發的原則，圍繞中心、突出重點、兼顧全局，以基礎設施、基本設備、基本功能建設為主，以提高醫院技術水平為出發點，狠抓技術質量。醫院立足三優服務，放眼三個**（信譽**、質量**、服務**），一手抓科學管理、一手抓人才設備，充分調動各方面積極因素，發揮“人才、設備、服務”功能，強化管理意識，加強醫院的軟硬件建設，建立健全全面質量管理的組織領導體系，將全面質量管理法的計劃、實施、檢查、總結用于醫療技術的管理，實現了病歷書寫規格化、辯證論治規范化、技術操作標準化和醫療指標數據化。完善和健全醫院各項規章制度、操作規程、崗位責任制達298項。近年來，隨著醫療業務的發展，醫院內涵建設得到了加強，突出中醫特色，加強專科建設，充分發揮中醫、西醫、中西醫結合三支力量的作用，做到院有專科、科有專病、人有專長、病有專藥。以重點科室為主體，先后成立了中風后遺癥、糖尿病、肝炎、風濕病等專病小級和專科專病門診25個，拓寬了服務領域，增強了適應社會和患者需求的能力。醫院研制的益肝片、活血降脂沖劑、接骨片、功腰丸、愈瘍片、喘貼靈等臨床療效顯著，多次獲得州、區及國家獎勵。

醫院研制的益肝片、活血降脂沖劑、接骨片、功腰丸、愈瘍片、喘貼靈等臨床療效顯著，多次獲得州、區及國家獎勵。