廈門市心血管病醫院前身為廈門大學附屬中山醫院廈門市心臟中心。中心成立于2001年，是海外華僑及國際知名學者倡議、政府投資興建的心血管病專科醫療機構，擁有國際一流的心血管病診療設備和先進的管理流程，為患者提供高水平、人性化的診療服務。2014年，醫院年門、急診量17萬余人次，收住院患者6600余人次。
2014年6月，醫院正式獲廈門市政府批準獨立建院，更名為廈門市心血管病醫院。醫院將在現有基礎上發展，一期位于湖濱南路205號，擁有床位200張，二期擇址廈門市湖里區五緣灣南片區，規劃床位600張，占地2.3萬平方米，將建成“海西一流、國內先進、與國際接軌”的知名醫學中心和三甲心血管病專科醫院。
　　2003年，醫院率先在福建省開通胸痛綠色通道，全天候24小時開展急診冠狀動脈開通的微創介入治療，十余年來挽救了上千例急性心肌梗塞病人。2013年，醫院胸痛中心成立，啟動了中國首個“全市覆蓋區域協同胸痛急救網絡”，并于2014年4月通過中國胸痛中心協會首批認證、美國胸痛中心協會國際認證。“廈門模式”的胸痛急救網絡已逐漸成為全國區域協同胸痛急救的典范和樣板城市。
　　2008年，醫院被批準為全國首批心血管疾病介入診療培訓基地和具有開展心臟移植資質的醫療機構，2010年成為首批美國心臟病學院（ACC）中國教育基地，2011年心內科被評為國家臨床重點專科，2012年4月份獲得衛生部心律失常介入診療培訓基地和福建省“先心”定點救治醫院，2013年1月經美國心臟協會授權成立“美國心臟學會專業示范中心”。
　　醫院設有心內科病區、心外科病區、心功能檢查室、超聲醫學部、CCU、ICU、導管室、手術室、體檢部、檢驗部等臨床醫技科室。擁有3間心臟專科導管室，及5間百級層流心外科手術室，配備多項高精尖設備，硬件條件達國內領先水平。
　　醫院診療技術精湛，心內科常規開展各類心血管疾病的介入檢查和治療，技術水準達國內一流。心外科涵蓋先天性心臟病、瓣膜、搭橋、大血管等各類心臟外科手術，手術成功率達國內先進水平。醫院開展的填補福建省、廈門市空白的新技術、新方法達數十項。
　　秉承“您的健康是全體醫院最大的心愿”的服務宗旨，將繼續以高品質的服務、高精尖的技術，為百姓健康謀福祉，為“美麗廈門”添磚加瓦。