廈門市第二醫院的前身是1898年創立于鼓浪嶼的教會“救世醫院”。1998年7月，廈門市第二醫院與海滄醫院合并。2003年11月，與集美醫院合并，并將總部由鼓浪嶼遷至集美，成為廈門市島外最大的綜合性醫院，目前醫院擁有集美和海滄兩個院區。2004年加掛“嘉庚醫院”的牌子，提高了與海外的交流力度。實際開放床位502張，二期將再開放400張以上床位，2007年初床位達900余張。

　　廈門市第二醫院現有職工918人，其中專業技術人員754人，高級職稱89人，中級職稱160人，碩士以上30人，博士7人。醫院年門診量55萬人次，年出院病人1.7余萬人次，年手術量6000余臺。

　　廈門市第二醫院開設17個臨床科室和7個醫技科室，部分專科已達到“三級甲等”醫院重點專科水平：市呼吸疾病診治中心（肺科）、血液凈化（腎內科）、腔鏡診療科、心腦血管病診療科、婦產科、泌尿外科、骨科、兒科、消化內科等飲譽廈門乃至省內外，其中，市呼吸疾病診治中心（肺科）為我市重點學科，職業病防治、中毒救治專科以及婦科腔鏡專科為我市規劃重點專科。

　　廈門市第二醫院在閩南地區率先開展電視腹腔鏡行膽囊切除的微創手術以來，累計開展各類微創診療項目百余項，成功地完成各類高難度的微創治療手術10000多例，手術例數、技術難度均為全省前列，其中相當多數項目的技術水平已經達到國內先進，部分項目填補了省內、市內空白。自1997年以來，先后有三項科研課題分別獲得省市科技進步二、三等獎。近幾年來，我院腔鏡系列手術在普外、胸外、泌尿外、婦科等方面取得快速發展，已形成多學科微創診療體系。隨著ICU、神經外科的成立，創傷救治已成為醫院的重點品牌之一。

　　廈門市第二醫院擁有全國首臺氣道超聲設備和氣道冷激發試驗設備、廈門首臺雙屏幕纖維支氣管鏡設備、日本超細（直徑0.5厘米）電子鼻胃鏡、閩南首臺小巨人體外震波碎石機、激光（雙頻雙脈沖）碎石機，擁有腔鏡外科全套設備及氣壓彈道碎石系列設備，西門子800毫安、島津800毫安X線機，貝克曼全自動大型生化分析儀，瑞典金寶系列血液透析機，原裝進口彩超，數字胃腸X光機，等離子前列腺汽化電切儀，電子顯微鏡，柯達DR，先進的四排及雙排全身螺旋CT等醫療設備。