廈門市中醫院正式成立于1956年11月，是全國首批示范性中醫院、福建中醫學院附屬醫院、北京中醫藥大學廈門臨床醫學院，是一所集中醫醫療、教學、科研為一體的綜合性中醫院。

醫院臨床科室齊全，綜合功能完善，中醫特色鮮明。擁有了一批中西醫結合、綜合實力較強的重點專科，形成了具有中醫特色的優勢學科群。廈門市四大醫學中心之一的肝病中心為**重點專科；脾胃專科的慢性胃炎是國家中醫藥管理局重點專病；同時擁有兩個福建省重點專科——肛腸（痔瘡）病治療中心及糖尿病專科；還有中西醫結合兒科、中西醫結合膽胰專科、中西醫結合骨關節病專科是福建省重點專科建設單位。

近幾年來，醫院先后被評為福建省文明中醫院、廈門市百家窗口優質服務競賽優勝單位、福建省“創文明行業、建滿意窗口”示范單位。1995年通過**驗收，成為全國首批示范性中醫院。2001年經市衛生局批準，醫院先后與市**門診部、同安區中醫院成立醫療服務聯合體。