云南省中醫醫院始建于1947年，是全國建設歷史較長的省級中醫醫院之一，為大型綜合性三級甲等中醫醫院，是云南省和昆明市城鎮職工和城鎮居民的醫療保險的定點醫療機構和醫療保險轉診的定點醫療機構，從2009年1月起，成為全云南省第一批新農合定點醫療機構之一。現有職工1054人，其中各類專業技術人員896人，有主任醫師(教授)58人、副主任醫師（副教授）159人、中級職稱人員339人、初級職稱人員340人，有博士學位、碩士學位人員近60人，有云南省名中醫和榮譽名中醫22人，有碩士生導師71人。編制病床500張，醫療設備總值6000萬元，固定資產總值1.9651億元，業務收入2007年為1.45億元。有29個臨床醫技科室，13個臨床教研室，1個投資2000余萬元、占地4300平方米、能生產15個劑型89個院內中藥制劑的現代化的中藥制劑中心及1個建筑面積1600平方米、投資260萬元建成的臨床技能綜合模擬實驗中心等，在昆明市區內設有9個專科門診部。有磁共振（MR）、螺旋CT、大型數字X線機、彩超、全自動生化分析儀等大型現代化的醫療設備。有建成和再建的國家中管局重點專科3個、國家中管局男科病證治規范重點研究研究室1個、省級重點專科（專病）22個，有中醫內科學、針灸學2個省級重點學科，有云南省中醫藥防治艾滋病臨床研究中心、中醫內科研究中心、中西醫結合男科研究中心3個省級研究中心和中醫風濕病、中醫腦病2個省級研究室，有8個省級中醫名科、8個碩士研究生學位授予點，有國家級協建重點專科5個。系國家藥物臨床試驗機構（基地）及國家中藥現代化科技產業（云南）基地中藥新藥GCP中心、國家中醫藥國際合作基地、國家中西醫結合傳染病臨床（云南）基地建設單位、國家中西醫結合急診臨床（云南）基地建設單位、國家接收外籍學員開展中醫非學歷教育的進修學習單位等。應用中醫藥治療艾滋病、病毒性肝炎、心腦血管病、惡性腫瘤、風濕免疫疾病、男性疾病、椎體疾病等重大疾病、疑難病、急危重癥及常見病多發病取得了明顯成效。具有獨立申報國家自然科學基金項目資格，主持有國家“863”計劃重大科技專項、國家自然科學基金、國家科技支撐計劃、國家科技攻關計劃、云南省科技計劃、云南省自然科學基金等科研項目，具有開展中醫臨床研究工作的技術條件。目前承擔中醫醫療、教學、科研、康復、干部保健和指導全省中醫醫療與護理等工作。全年門診人次63.39萬，年出院人數1.0365萬人。
　　云南省中醫院又是云南中醫學院第一附屬醫院、云南中醫學院臨床醫學院，實行“院院合一”的管理體制，承擔著碩士研究生、本科生、專科生、成人教育等不同層次的理論和臨床教學工作。是云南省唯一的一所省級三級甲等中醫醫院，為全省中醫臨床醫療、教學、科研和醫療康復保健的指導中心和重要基地。現有各級各類科研項目300多項，其中，國家級課題13項、省部級課題44項，這些課題多數為與新藥研究有關的項目，如6類新藥“前列沖劑”、“振雄展勢丹”和“腦血清膠囊”等研究獲國家“863”計劃及省科技計劃項目重點資助進行開發研究。
　　云南省中醫院對外交流與合作工作取得長足發展，歷年來到醫院參觀、訪問、進修、學習的外籍人員絡繹不絕。從1996年至今年共接收了600多名國外、海外學者的中醫進修培訓，接待了來自歐、美、東南亞、非洲及港澳臺同胞等20多個國家及地區的元首、專家學者2250人次到醫院參觀、訪問。
　　云南省中醫院還是集云南省90所中醫院為一體的云南省中醫醫療集團總醫院，搭建起了全省中醫藥技術合作、經濟發展和服務平臺，對順利開展中醫臨床研究工作十分有利。