新疆維吾爾自治區中醫醫院建于1959年7月1日，是新疆**一所省級綜合性中醫醫院，同時又是新疆醫科大學附屬中醫醫院，新疆維吾爾自治區中醫藥研究院，新疆中醫名醫名方研究開發中心，是自治區中醫醫療，教學，科研工作的主要基地和中醫學術帶頭單位。
醫院現有職工877人，其中有專業技術人員780余人，享受國家特殊津貼的專家4人，自治區優質專家3人，正高職稱專業技術人員37人，副高職稱專業技術人員63人，中級職稱專業技術人員278人，初級專業技術職稱技術人員304人。形成了一支強大的醫療隊伍。
醫院設有內，外，婦，兒，骨傷，眼，耳鼻喉，皮膚。老年病，針灸，推拿，口腔等專科及干部保健病區，有相應的二級分科33個。并有設備先進的臨床檢驗中心，攝像中心和功能，病理檢查等輔助科室及配套的后勤服務系統。醫院有國家中醫藥管理局重點中醫專科：心血管專科，國家中醫藥管理局重點中醫專業建設協作單位有：眼科，皮膚，血液，肛腸四個學科，醫院重點學科有骨傷，肛腸科。醫院也是全國針灸臨床研究中心新疆分中心，并有糖尿病，乳腺炎，前列腺炎，眼底病，不孕癥，風濕病，銀屑病，針灸治療美尼爾氏病，小兒過敏性紫癜等特色專科。年門診量達40余萬人次，住院人次10000余人次，平均住院日在19天以下，病床使用率在98％以上，病床周轉次數18次/床。
醫院現有中醫內，外，婦，兒，針灸等9個教研室，中醫內科和中西醫結合兩個碩士點，碩士生導師21人，已招收碩士研究生19人。醫院有研究員5人，副研究員5人，助理研究員5人，近年來還承擔多項國家中醫藥管理局，自治區科技廳及衛生廳，新疆醫科大學科研課題，多次取得自治區科技進步獎。
醫院將繼續本著“一切為了病人,為了病人一切，為了一切病人"的宗旨，同心同德，艱苦奮斗，不斷探索適合中醫院發展的經營之路，跨出國門，走向世界。以我們的執著與努力為弘揚祖國傳統醫藥學再創新的輝煌，提供一個技術優良，服務優質，深受各族患者信賴的中醫醫院。
新疆醫科大學附屬中醫醫院所獲榮譽醫院曾獲得過多次表彰：
1994年被國家中醫藥管理局評定為“全國三級甲等中醫院”
1995年被衛生部，國家中醫藥管理局，人事部授予“全國衛生系統先進單位”
1997年被衛生部評定為“全國醫院文化建設先進單位”
1998年被衛生部審定為“臨床藥理研究基地”
2001年被自治區精神文明委授予“自治區文明單位”
