新疆兵團醫院正式成立于1982年，目前已發展成為集醫療、教學、科研、預防、保健、康復為一體的省級綜合性三甲醫院。醫院不僅承擔著兵團、自治區廣大人民群眾保健的任務，還擔負著兵團主要疑難危重疾病的診治和突發公共衛生事件的救治任務。幾十年的艱苦奮斗，兵團醫院譽滿天山，先后榮獲全國扶殘助殘先進單位，全國殘疾人三項康復工作先進單位，全國三甲醫院感染工作先進單位，全國優秀價格監測定點單位，連續五年榮獲自治區藥品價格定點監測先進單位一等獎、連續三年榮獲烏魯木齊市醫療保險優秀定點醫院和醫療保險先進單位，連續兩年榮獲優秀商業保險定點醫院,榮獲兵團、烏市文明單位等榮譽稱號。

改革開放使位于祖國西部邊陲的新疆生產建設兵團煥發出勃勃生機，作為兵團設在烏魯木齊市的唯一一家三甲醫院，在緊緊把握穩定發展主題的同時，狠抓人才培養和學科建設，形成了一支高素質的人才隊伍和一批高水平的特色科室，現有國務院政府津貼專家6人，教授、副教授38名，高級職稱101人，中級職稱207人，碩士生導師10人，設有30多個臨床、醫技科室和20多個專科門診檢查、治療處室，是石河子大學醫學院第二附屬醫院、新疆醫科大學教學醫院。

“科學技術是第一生產力”。2005年，新一屆領導班子組建以來，不斷加大科研技術創新的力度，僅2007年就開展了26項技術，醫院總收入首次突破了億元大關。近年來，醫院在國內外刊物上發表學術論文600余篇，參加國際學術會議20余次，開展新技術、新項目300多項，獲得國家、自治區及兵團科技成果一、二、三等獎共40項，并設立了“兵團醫院科研基金”和“兵團醫院青年科研基金”項目。同時，開展的主動脈夾層支架植入術、肝臟良惡性腫瘤切除及射頻治療、胰十二指腸切除術、門脈高壓癥手術、肝包蟲外殼剝離術、陰式微創手術-非脫垂子宮陰式切除術、綠激光治療前列腺增生、等離子體低溫組織消融術及髖、膝關節置換術、超聲乳化加晶體植入術治療白內障、特色中西醫肛腸疾病的治療、小兒麻痹矯治手術、冠狀動脈搭橋術、心臟起搏器植入術、心臟瓣膜置換術、冠狀動脈支架置入術、射頻消融術、房間膈缺損封堵術、經尿道鏡氣壓彈道碎石術、腹腔鏡下交通支靜脈結扎術、椎間盤鏡微創治療腰椎間盤突出癥手術、靜脈溶栓、動脈溶栓、缺血性卒中急性期病因診斷、臨床分型及規范治療、鼻竇內窺鏡手術等一系列填補新疆空白的新技術、新項目。

為了拓展業務技能，提升醫院的綜合競爭力，醫院與衛生部北京醫院、北大一附院、中國醫學科學院腫瘤醫院、北京中日友好醫院、北京廣安門醫院、北京阜外心血管病醫院、宣武醫院、北京海軍總醫院、山東省立醫院建立了長期協作關系，并選派醫護人員到協作醫院進修學習，把先進的管理理念、精湛的醫術和人性化的服務融入到醫院的建設與發展當中，極大的提升了醫院的綜合競爭能力，使醫院的骨科中心、泌尿外科、心血管內科、神經內科等一批重點學科迅速發展起來。

為了給各族患者提供更加全面、便捷、優質的服務，創造良好的就醫環境，2008年，在國家、兵團的大力支持下，醫院投資1.15個億建成了面積為34700平方米的16層綜合醫療大樓，實現了物流自動化、管理信息化、信息處理數字化，是目前兵團醫療衛生系統單位建筑面積最大、單體投資最多的項目。同時，醫院把先進的醫療儀器設備作為臨床技術的保障，購置了飛利浦1.5T磁共振、16排螺旋CT機、德國西門子大型C臂X光機、瑞典金寶血液透析機、美國GEDR機、GE骨密度掃描儀、GE彩超、GE鉬靶乳腺機、超聲乳化儀、LASERSCOPE綠激光、鈥激光、日本奧林巴斯電子腹腔鏡、美國羅氏E170全自動電化學發光分析儀、日本奧林巴斯2700全自動生化儀、德國人工心肺機等近千臺醫療設備，全心全意服務于廣大患者。

近年來，醫院形成了獨具特色的文化氛圍，升華提煉出“團結仁愛求精創新”的醫院精神，始終堅持社會效益第一，充分體現公益性的辦院方向，恪守“救死扶傷”的人道主義辦院宗旨，堅持醫療質量、醫療安全是醫院管理的核心和生命線，努力打造一支人民滿意的德技雙馨的醫療技術隊伍，積極創建“平安醫院”、“百姓放心醫院”，為新疆人民的健康保駕護航。