哈爾濱中醫院始建于1957年，經過近50年的建設，現在已經發展成為基礎設施完備，醫療設備先進，科系設置齊全，技術力量雄厚，集醫療、教學、科研為一體的大型綜合性三級甲等醫院和全國示范中醫院。是黑龍江中醫藥大學第三臨床醫學圓，省、市醫保定點醫院。
1997年醫院由道里區中醫街遷至建國街。現占地面積20500平方米，建筑面積21500平方米,設有門診樓、醫技樓、13層住院樓和機關樓，外設四處分門診、一個中藥制劑室。2001年5月隨著全省重點專科醫院哈爾濱市肛腸醫院的并入，醫院綜合實力得到了全面的提升。
　　哈爾濱中醫院現有職工1063人，在職職工697人，其中專業技術人員565人，高級職稱105人，中級職稱324人。開放床位500張，設有16個醫療科室、11個醫技科室、28個專科門診及專家門診，固定資產8600萬，年門診量160000人次，年住院病人6000人次。
2002年9月以王錫坡院長為首的新領導班子上任后，進一步加強重點專科的建設、突出專業特色技術、以兩個治療中心帶動醫院全面發展。現我院中醫肛腸病學科、中醫腦病學科、小兒推拿學科、肛腸病物理檢測實驗室、針灸生理實驗室、肛腸病繼續教育基地、小兒推拿繼續教育基地、中醫藥高血壓病防治繼續教育基地已經通過省中醫管理局驗收命名。
中西醫結合大腸肛門病治療防治中心是我省肛腸專業的龍頭單位，規模和技術力量在東北乃至全國均名列前茅。2001年6月被黑龍江中醫管理局批準為“哈爾濱大腸肛門病治療中心”(省級中醫重點專科)，現在正申報“國家級重點專科”。
“中醫偏癱康復治療中心”是治療腦血管疾病的專科病房，為省級重點專科。
小兒推拿科治療小兒肌性斜頸和小兒腦癱的水平在國內居領先地位。腦系、心腦系為市級重點專科，肺系病房采用冬病夏治、內病外治的獨到治療方法，治療慢支、肺氣腫、肺心病以及各類喘癥，療效顯著。心血管病房以中醫為主、中西醫結合搶救治療冠心病、心肌炎、心力衰竭、高血壓及內科疑難病癥有獨到專長。
中醫骨傷科、兒科、婦科、外科、按摩科、針灸科、皮膚科為院級重點專科，在治療上各具特點。
醫院中醫制劑繼承和開發秘、驗藥方研制成丸、散、膏、丹、沖劑、口服液、膠囊等六十多個品種，如“雙解降糖膠囊、青龍膏、消喘散、腸寧、軟痛栓”療效顯著。
哈爾濱中醫院堅持以科技興院為先導，注重人才的使用和培養，現有國家級名中醫2人，省、市名中醫6人，每年選派15人次以上外出學習、進修、考察，現已有23人取得碩士學位，還有4位博士在讀。近年來，共獲國家(部委)省市科研成果20余項。
長期以來醫院積極開展“質優、價實、滿意院”活動。近期在全省行業信譽度的幾十萬份調查問卷中，其公眾形象、服務質量、收費標準、醫療水平的四項調查結果群眾滿意度均達90%以上。曾獲哈爾濱28界勞模單位、省中醫管理局先進單位、市衛生系統先進基層黨組織、市委老干部服務先進單位、市文明單位標兵等光榮稱號。