黑龍江中醫藥大學附屬第二醫院的前身為成立于1963年的黑龍江中醫學院附屬醫院門診部，1992年成立黑龍江中醫學院附屬第二醫院，并在全國中醫院校中率先實行“院系合一”管理體制，1997年，更名為“黑龍江中醫藥大學針灸推拿學院暨附屬第二醫院”，2011年，黑龍江中醫藥大學康復醫學院成立，落戶黑龍江中醫藥大學附屬第二醫院。黑龍江中醫藥大學附屬第二醫院是集醫療、教學、科研于一體，突出中醫針灸、推拿、康復特色的綜合性三級甲等中醫醫院，黑龍江省針灸推拿康復醫療中心，全國中醫中風病醫療中心建設單位、國家首批重點中醫院（現代化中醫醫院）建設單位，國家中醫醫院中醫藥文化建設試點單位。

　　醫院占地面積8500余平方米，總建筑面積42591平方米，設有針灸、推拿、康復、骨傷、內、外、婦、兒等41個臨床科室，醫技科室5個，三個中心，編制床位800張，開放床位床位996張。醫院現有員工937名，專業技術人員455名。高職專家教授149人,享受國務院、省政府特殊津貼5人，省級優秀中青年專家2人，省衛生系統有突出貢獻中青年專家7人，省級名中醫15人，博士、碩士研究生導師91人。

　　醫院針灸學學科、中醫康復學學科、推拿學學科、中醫老年病學學科為國家中醫藥管理局重點學科；中醫預防醫學學科為國家中醫藥管理局培育學科；針灸推拿學學科、中醫康復學學科、中醫婦科學學科、中醫骨傷科學學科為黑龍江省級領軍人才梯隊；針灸推拿學學科、中醫康復學學科、中醫骨傷科學學科為黑龍江省重點學科（教育廳）；中醫骨傷科學學科、中醫推拿學學科、中醫肝膽病學學科，中醫痹病學學科、中醫康復學學科為黑龍江省中醫管理局重點學科。腦病科、康復科為國家中醫臨床重點專科，腦病科、康復科、婦科、針灸科、骨傷科為國家重點專科建設項目，重癥醫學科、臨床藥學為國家重點專科培育項目。針灸科、骨傷科、婦科、推拿科、老年病科、重癥醫學科、腎病科、癃閉、延髓麻痹、類風濕關節炎、痔瘡、中風病、脊髓損傷、糖尿病足為黑龍江省中醫管理局重點專科（專病）。現有3個全國名老中醫藥專家傳承工作室（于致順、孫申田、高維濱名醫工作室）

　　學院（針灸推拿學院及康復醫學院）現有七年制中醫學（針灸推拿方向）、針灸推拿學、針灸推拿學（英語方向）、針灸推拿學（康復方向）、康復治療學兩個專業三個專業方向，其中省級重點專業1個。承擔針灸推拿本科、專科、研究生、留學生等基礎、臨床教學和實習任務，并接受省內外及國外進修生。設有14個教研室，具有一級學科博士授權點1個、一級學科碩士授權點2個、二級學科博士授權點4個、二級學科碩士授權點9個。

　　近年來，醫院獲各級科技成果146項，其中國家級獎項1項、部省級獎項42項，獲專利6項。“針刺項頸部腧穴治療真性延髓麻痹的臨床應用研究”項目榮獲國家科技進步二等獎，結束了真性延髓麻痹不能治愈的歷史，開創了中醫針刺方法治療疑難危重癥的新領域。

　　醫院先后榮獲：“省平安建設平安醫院”、“黑龍江省衛生文化建設先進單位”、全國教科文衛體“抗震救災工人先鋒號”、“全省衛生系統民主評議醫院行風工作最佳單位”，“黑龍江省衛生系統創建群眾滿意醫院活動先進集體”、“全國模范職工小家”、“黑龍江省文明單位”、“省中醫藥工作先進集體”、“省愛國衛生先進單位”、“黑龍江省教育系統三育人先進集體”、“全國中醫藥系統創先爭優活動先進集體”、“全國中醫藥應急工作先進集體”等榮譽稱號。