吉林大學中日聯誼醫院是教育部“985”高校——吉林大學所屬的、國家衛生和計劃生育委員會管的集醫療、教學、科研、預防、保健、康復為一體的大型現代化綜合性三級甲等醫院。
　　醫院前身是白求恩醫科大學第三臨床學院。成立于1949年11月，時為中國人民解放軍“長春醫科大學外科學院”。先后經歷了中國人民解放軍第三軍醫大學第三臨床學院、中國人民解放軍第一軍醫大學第三臨床學院、吉林醫科大學第三臨床學院、白求恩醫科大學第三臨床學院時期。1993年7月，醫院主體遷入位于長春市經濟技術開發區的新址。新醫院是由吉林省政府和長春市政府撥地、國家衛計委投資基建、日本政府無償援助價值26億日元先進設備而共同興建的，為紀念中日兩國人民及政府間的友誼，醫院被命名為白求恩醫科大學第三臨床學院（中日聯誼醫院）。2000年6月，吉林大學、白求恩醫科大學等5所高校合并組建新吉林大學，醫院易名為“吉林大學中日聯誼醫院”。
　　建院60多年來，醫院取得了長足的發展，已形成中心院區（位于仙臺大街126號）、新民院區（位于新民大街829號）、南湖院區（位于南湖新村東街1028號）、開運院區（位于開運街1433號）、空港院區（位于長春市空港經濟開發區）五位一體的格局，總占地面積68.38萬平方米，建筑面積32萬平方米。確立了外科系統、心腦血管疾病診療、微創治療、腫瘤精確放射治療在吉林省乃至東北地區的優勢地位。醫院現有員工3946人，在編人員2080人，聘用人員1866人。在編人員中醫生889人，護士651人，技師130人。其中，主任醫師202人，副主任醫師205人，教授131人，副教授168人，博士研究生導師42人（含兼職導師3人），碩士研究生導師338人（含兼職導師80人）。
醫院現有床位3328張，設有51個臨床、醫技科室。裝備有3.0TMRI、寶石能譜CT、640層螺旋CT、Artis-Zeego機器人式平板血管造影系統、全數字化電子直線加速器、三維數字化C形臂X光機、實時三維心臟超聲影像系統、全自動生化免疫流水線、流式細胞儀等先進診療設備千余臺（套）。
　　醫院是國家衛計委冠心病介入診療培訓基地、心律失常介入診療（導管消融和植入器械）培訓基地、外周血管介入診療培訓基地，國家級消化內鏡培訓中心、國家級皮膚醫療美容示范基地。醫院被國家衛計委、聯合國兒童基金會、世界衛生組織評定為“愛嬰醫院”，是國家衛計委國際緊急救援中心網絡醫院，國家藥物臨床試驗研究機構，是吉林省國家緊急救援培訓鑒定中心、緊急救援定點醫院。此外，吉林省和吉林大學的一些醫療、科研機構設置于此，如吉林省外科研究所、吉林省創傷骨科研究所、吉林省心血管病研究所、吉林省乳腺疾病研究所、吉林省生殖醫學研究所、吉林省介入放射學研究所；吉林省腎臟移植與血液凈化研究中心、吉林省醫學影像工程技術研究中心；吉林省創傷骨科治療中心、吉林省人工關節治療中心、吉林省前列腺疾病防治中心；吉林省骨科醫療質量控制中心、吉林省風濕科醫療質量控制中心、吉林省消化內科醫療質量控制中心、吉林省醫學影像科醫療質量控制中心、吉林省麻醉科醫療質量控制中心、吉林省臨床輸血科醫療質量控制中心；吉林省甲狀腺疾病多學科診療中心；吉林大學前列腺疾病防治研究中心、吉林大學手外科疾病診療中心、吉林大學角膜移植中心、吉林大學乳腺甲狀腺外科疾病診療中心、吉林大學肝膽胰外科疾病診療中心等。
　　醫院神經病學是國家重點學科單位；骨科學、耳鼻咽喉-頭頸外科學是國家衛計委重點建設學科；手外科、泌尿外科、醫學影像科、風濕免疫科是國家臨床重點專科；內科學、外科學、眼科學、耳鼻咽喉科學、臨床檢驗診斷學、影像醫學與核醫學是吉林省教育廳普通高等學校重點學科；骨科、消化內科、內分泌科、普通外科、康復醫學科、泌尿外科是吉林省衛計委重點專科。醫院中心研究室是國家中醫藥管理局分子生物學三級科研實驗室。醫院檢驗科是國家衛計委臨床檢驗中心的臨床基因擴增檢驗實驗室。吉林省臨床分子生物學重點實驗室、吉林省風濕免疫重點實驗室、吉林省心血管病重點實驗室、吉林省消化系病重點實驗室、吉林省創傷骨科重點實驗室、吉林省人工關節外科重點實驗室、吉林省泌尿系腫瘤重點實驗室、吉林省整形外科重點實驗室、吉林省耳鼻咽喉－頭頸外科重點實驗室、吉林省醫學影像重點實驗室設在醫院，普外科為吉林省衛計委普外科重點實驗室單元。醫院主辦的《中國實驗診斷學》雜志是中國科技核心期刊。
　　醫院同時作為臨床教學醫院——吉林大學臨床醫學院第三學院，設有19個教研室，承擔著臨床醫學專業本科生、留學生教學任務。醫院是臨床醫學專業博士、碩士學位試點單位，擁有博士學位授權專業16個，碩士學位授權專業34個，臨床醫學博士后科研流動站1個。醫院重視學科建設及人才培養，堅持人有專長、科有特色、院有優勢的發展方略，努力培養醫德高尚、醫術精湛的醫學專家。醫院積極與國際醫學前沿接軌，加強對外交流與合作,并與國內外知名醫學院校建立了友好合作關系。
　　醫院以建設高水平研究型醫院為發展目標，堅持醫療、教學、科研協調并舉的發展理念，始終秉承“仁心良術”的醫院精神，倡導“以人為本、精益求精、團結務實、創新圖強”的院訓，以一流的管理、一流的質量、一流的技術、一流的服務、一流的環境為人民的健康做出貢獻。

新民院區簡介

　　吉林大學中日聯誼醫院新民院區（老三院）始建于1949年，是衛生部直屬的三級甲等醫院，是一所融醫療、教學、科研、預防保健和康復為一體的現代化綜合醫院。
　　該院座落在風景秀麗的新民大街，與中日聯誼醫院共為一體。建筑面積18000米，設置住院床位320張，具有正副教授、正副主任醫師、研究員及相應職稱的高級人員72人。同時設有吉林省手外科中心、吉林省外科研究所、吉林省創傷骨科治療中心、吉林省生殖醫學研究所、腹腔鏡外科治療培訓中心。
　　專業科室有骨科、基本外科、腹腔鏡外科、泌尿外科、男性生殖醫學科、婦產科、手外科、血管外科、神經外科、胸外科、眼科、心內科、糖尿病科、腫瘤內科、神經內科、消化內科、呼吸內科、腎病風濕科、整形美容科、核醫學科、皮膚科、口腔科、中醫科及10個醫技科室。并承擔著吉林大學新民校區離退休、在職職工、學生6000多人的保健工作。醫療檢查項目齊全，配備有國內一流的螺旋CT、，“全自動生化分析儀、彩超、電子窺鏡、CCU監護系統等先進儀器。各科均有經驗豐富的臨床專家教授出診，并設有疑難病會診中心，由國內、省內著名專家出診，急診24小時開診。
　　多年來，已形成了以外科系統為憂勢，如：骨科以四肢關節、脊柱外科、創傷修復、小兒先天性髖脫位等處于國內領先水平；以腹腔鏡微創手術為中心，開展各項腹腔鏡外科手術，臨床效果好，由于痛苦少、創傷小、恢復快、住院時間短等特點深受廣大患者的認同；男性科開展生殖技術檢測，為廣大男性不育、性功能障礙、男性更年期及性病所困擾的患者帶來了福音。采取尿道中段吊帶術，治療女性壓力性尿失禁。在微創方面，開展了膀胱鏡、經皮腎鏡、輸尿管鏡與腹腔鏡各項診療技術；婦產科對各種疑難病的診斷及治療在省內處于領先，開展了晚期卵巢癌、宮頸癌的手術治療。子宮肌瘤等不開腹經陰道陰式子宮切除術及各種婦科微創手術。心內科開展各種介入治療，如：冠狀動脈造影術及支架術，心律失常射頻消融術，人工心臟起博器植入術，冠心病介入封堵術及肥厚梗阻型心肌病介入消融術等；糖尿病科開展了動態血糖檢測、糖尿病足局部特殊換藥及連續動脈內注射治療糖尿病足的介入治療、胰島素泵強化治療和各種內分泌疾病的診療；血液腫瘤內科在化學治療的基礎上開展熱療、生物免疫治療。心理指導及家庭病房治療。核醫學科病房是吉林省唯一一家正規的核素治療病房，主要是對分化型甲狀腺術后治療，多發性骨轉移瘤，小兒血管瘤及斑痕治療等。
　　隨著時代的發展，醫院已全面實行了信息化管理，實現了信息共享，使管理更加標準化、科學化。

南湖院區簡介

　　根據吉林省政府《關于吉林大學中日聯誼醫院和省康復醫療中心整合的批復》（吉政函﹝2011﹞108號）和吉林省政府專題會議紀要《研究吉林大學中日聯誼醫院、省康復醫療中心和省結核病醫院整合有關問題》（﹝2011﹞42期）有關要求，2011年6月9日，吉林大學中日聯誼醫院成功合并原吉林省康復醫療中心。同年8月29日，吉林大學中日聯誼醫院南湖院區正式開診。
　　吉林大學中日聯誼醫院南湖院區，位于長春市朝陽區南湖新村東街1028號，占地面積10.33萬平方米，綠化率達到70%，是目前吉林省內唯一一家園林式醫院，也是長春市南部新城唯一一家衛生部直屬的三級甲等醫院。作為最具發展潛力的院區，吉林大學中日聯誼醫院在南湖院區的發展建設過程中，將始終堅持建設高水平研究型醫院發展目標，堅持“突出外科特色、發揮綜合優勢、實現科學發展”的理念，堅持“院有特色，科有優勢，人有專長”的發展策略，并最終將其建設成為開放床位1200張，建筑面積15萬平方米，以骨科診療為主體，以康復醫療為特色，集醫、教、研為一體的綜合性、高水平、現代化院區。

開運院區簡介

　　開運院區自1988年成立至今26年歷史，以手外科為特色，被春城百姓譽為“手外醫院”。同時設有骨科、普通外科、心內科、神經內科、疼痛科、口腔科、婦產科、門急診等。輔助科室有檢驗科、放射線科、電診科、理療科。