安徽醫科大學附屬巢湖醫院前身是中國人民解放軍皖南軍區陸軍醫院，1951年9月成立于蕪湖市。1952年6月，奉命遷移至肥西張新圩，同年8月集體轉業并移交省衛生廳，更名為安徽省第四康復醫院。1954年3月，遷到巢湖市現址。1960年7月，更名為安徽省立巢湖醫院，隸屬省衛生廳。1969年，巢湖行署成立后，醫院下放巢湖地區，更名為巢湖地區人民醫院。2000年，巢湖撤地設市，醫院更名為巢湖市第一人民醫院。2006年3月，被評為三級甲等醫院。2011年3月，成為安徽醫科大學非直屬附屬醫院。2011年9月，因區劃調整，醫院被劃轉為合肥市衛生局直屬事業單位。2012年12月，經省人民政府批準，醫院移交安徽醫科大學管理，更名為安徽醫科大學附屬巢湖醫院。經過六十多年的建設和發展，已成為一所集醫療、教學、科研、預防、保健、康復等功能為一體的綜合性醫院。
　　醫院占地面積17萬平方米，建筑面積8萬平方米。醫院編制床位880張，開放床位1021張，設置門診部2個，臨床科室32個，醫技科室10個。在崗醫護員工1200多人，擁有高級職稱110人（其中主任醫師23人）、中級職稱310人，安徽醫科大學碩士點10個，碩士生導師11人。
　　醫院擁有64排和6排螺旋CT、1.5T超導型核磁共振、中能15兆伏直線加速器、DSA、DR、全自動生化分析儀、數字彩超、肺功能儀、人工心肺機、多功能數字化胃腸機、數字化鉬靶機、電子胃鏡、電子腸鏡、胰十二指腸鏡、腹腔鏡、呼吸機、血透機、手術顯微鏡、關節鏡等大型醫用設備，總價值約1.2億元。
　　為加強醫院內涵建設，提高醫療技術水平，醫院全面實施科技興院戰略，注重人才培養和學科建設，逐漸形成了院有特色、科有重點、人有專長的格局，神經外科、普通外科、婦產科、重癥醫學科是原巢湖市臨床醫學市級重點學科。醫院擁有原巢湖市第五批拔尖人才4人，市第六批拔尖人才2人，市中青年學科帶頭人3人。近3年獲巢湖市科技進步二等獎3項，三等獎1項，通過省級科研成果鑒定4項。
　　醫院堅持“以病人中心”的服務理念，不斷改善服務態度，提高服務水平，贏得了社會各界的廣泛贊譽，醫院的精神文明建設碩果累累。醫院先后獲得“全國衛生系統先進集體”、“全國百姓放心示范醫院”、“全國巾幗文明示范崗”、“全國工會女職工先進集體”、省“十佳醫院”、省“醫德醫風示范醫院”和“誠信醫院”、省廠務公開民主管理工作先進和示范單位、省“三下鄉”先進集體、省青年文明號、省級園林式單位等光榮稱號。