溫州市疾病預防控制中心于2000年7月根據溫政辦〔2000〕19號文件撤消原溫州市防疫站、原市結核病防治所、原市皮防站、原市健康教育所，合并成立作為市衛生局領導下具體實施政府疾病預防控制職能的全額撥款的全民事業單位，是溫州市疾病預防控制、衛生檢驗監測、健康教育、科研培訓等業務技術的指導中心、信息管理中心、人才培訓中心。

目前市疾控中心編制160人，在編154人，碩士以上30人、大學78人，占62.09%;專業技術人員134人，其中**技術職稱24人，占17.91%;中級技術職稱62人，占46.27%。現設職能科室6個、業務科室13個。主要負責全市疾病預防與控制、突發公共衛生事件應急處置、疫情及健康相關因素信息管理、健康危害因素監測與干預、實驗室檢測檢驗與評價、健康教育與健康促進、技術管理與應用研究指導等工作。

2005年4月，高15層、建筑面積約2萬平方米的疾控新大樓正式啟用。幾年來，中心始終堅持以人為本、開拓創新，不斷完善突發公共衛生應急體系，履行疾病防控職責，取得了顯著的成效。近年來，市疾控中心加強傳染病的預警和監測能力，及時處置各類突發公共衛生事件，在“非典”、禽流感、霍亂、手足口病、艾滋病、結核病、麻疹、甲流等重大傳染病的防控工作中發揮了重要作用。免疫接種門診規范化建設不斷鞏固，建成254家規范化預防接種門診，其中17家五星級規范化預防接種門診，34家三星級規范化預防接種門診，201家規范化預防接種門診，2家山區/海島接種點，走在全省前列;2012年入選浙江省第三批公共衛生基層衛生適宜技術示范基地，成為**的地市級公共衛生基層衛生適宜技術示范基地;市疾控中心實驗室擁有超高效液相色譜-三重四極桿質譜聯用儀、液相色譜-電感耦合等離子體質譜聯用儀、氣相色譜質譜聯用儀等一批國際**的檢測儀器和設備。擁有7個生物安全二級實驗室及多個百級凈化實驗室。

目前檢測能力項目已達919項。傳染病現場流行病學是省市重點學科，理化檢驗和慢性病流行病學是市醫學重點學科，2012年接到陜西省漢中市求助，為該市發生的群眾誤食野生蘑菇中毒事件提供技術檢測，檢出毒蘑菇毒素，為采取正確救治方案贏得寶貴時間。2006年9月建立艾滋病確證實驗室，是溫州**一家艾滋病確證實驗室，目前全市共建有艾滋病檢測實驗室202家，其中快速檢測點147家，覆蓋全市各縣區;2013年11月溫州市疾控中心艾滋病確證實驗室順利通過省衛生廳評審專家組的現場評審，成為全省第二批也是新評審標準實施后的首家二級生物安全示范實驗室;開展職業衛生有害因素監測、調查、控制和衛生學評價，放射衛生場所監測與評價，是溫州市**一家職業病(塵肺與中毒)診斷機構;近年來，與國家CDC合作開展的漢坦病毒研究獲得新進展，研究發現我國社鼠所攜帶的獨立新種--漢坦病毒;在溫州龍灣區城郊結合部發現了新亞型索托帕拉雅病毒，屬國內**發現。

中心幾年來先后獲“全國醫藥衛生先進集體”、“全國結核病防治先進集體”、“創建國家衛生城市工作先進集體”、“浙江省衛生應急工作先進集體”、“省食品安全風險監測工作先進集體”、“浙江省疾病預防控制先進集體”等多項榮譽。