呼和浩特市第二醫院是一所集醫、教、研為一體，由中華人民共和國衛生部授予的三級乙等傳染病專科醫院。
　　呼和浩特市第二醫院的前身是中國人民志愿軍532醫院，該院于1958年5月從朝鮮戰場歸國后，集體轉業組建了呼和浩特市傳染病醫院，1991年更名為呼和浩特市第二醫院。
　　醫院定編床位400張，建筑面積2.5萬平方米，其規模、設施、診療、消毒、隔離等條件均為自治區同類醫院之首。門診、病房、供應室均按照法定的傳染病管理規范設計，布局合理，隔離嚴密。每間病室設1-3張病床，有獨立的衛生間和洗漱間，病房樓之間的病室設雙通道，內外走廊，院內綠數成蔭，亭臺花榭，曲徑通幽，花園式建設已初具規模。
　　醫院在發展上強化區域間合作，實行強強聯合。2001年醫院成為全國知名、技術力量雄厚的三級甲等傳染病醫院----北京佑安醫院分院。該院定期派專家來醫院進行臨床術、科研、教學指導，醫院一直派醫務人員到該院進修、培訓、學習先進的醫學科學技能及管理經驗，使整體服務水平不斷追蹤新高峰。
　　醫院重視科教興醫，近幾年來，獲自治區醫學成果獎1項，市級科技進步獎6項。多年來，承擔著內蒙古醫學院傳染病教學任務，是臨床見習和實習基地，2008年通過衛生廳聯合醫學院所做的教學醫院的教學評估，現有3名醫學院兼職教授。2009年被評為自治區傳染病重點學科，同年，被國家中醫藥管理局評為防治重大傳染病重點研究室。也是首府地區手足口、H1N1甲流、H7N9甲流、艾滋病、布氏桿菌病定點收治單位。
　　醫院科室設置齊全，設備先進，設有百萬級層流手術室、負壓病房、ICU病房。主要診治各型肝炎、肝硬化、肝腹水以及呼吸系統、消化系統、神經系統等各種常見疑難傳染性疾病，并采用中西醫結合治療技術、人工肝支持治療技術、腹水濃縮回輸技術及腔鏡下介入治療技術，救治了許多重癥肝病患者，醫院運用母嬰阻斷技術，直接降低了乙肝垂直感染的發病率，阻斷成功率達97%以上，為乙肝育齡婦女帶來了福音。
　　醫院將不斷完善腸道、呼吸道、皮膚性病、肝癌介入和針對傳染病患者的血液透析、外科、病理科、婦產科等特色科室。把醫院建設成為一所真正的“大專科、小綜合”的現代化傳染病專科醫院。