西安交通大學口腔醫院成立于1985年，前身為西安醫學院第二附屬醫院口腔科，具有50多年的淵源歷史。1975經衛生部批準建立口腔醫學系，1991年成立口腔醫學院。2000更名為西安交通大學口腔醫院。

西安交通大學口腔醫院是衛生部直屬的集教學、醫療、科研、預防保健為一體的口腔專科醫院，是西北地區口腔醫學專業師資培訓中心，是衛生部繼續醫學教育基地之一，是陜西省口腔醫療質量控制中心、陜西省牙病防治指導組掛靠單位。醫院在職教職工270余人，其中教授，副教授46人，具有博士、碩士學位44人，博士生導師1人、碩士生導師20人。

口腔醫院具備陜西省三級甲等專科醫院的資質，醫院設有牙科椅130把，病床76張，全院固定資產6000余萬元。設有臨床科室9個：牙體牙髓病科、牙周粘膜病科，兒童牙病科、口腔頜面外科、口腔修復科、口腔正畸科、口腔預防科、急特診科，種植中心；其中：口腔頜面外科為陜西省重點學科，口腔內科（牙體牙髓病科、牙周粘膜病科，兒童牙病科）、口腔修復科為陜西省優勢學科。醫輔科室5個：口腔影像科、藥劑科、病理科、檢驗科，技工中心。醫院除開展口腔常見病的治療外,在耳鼻器官再造、頜面整形美容、頭頸部腫瘤、顳頜關節紊亂癥、牙周病、口腔粘膜病、義齒修復、牙頜畸形矯治、種植義齒、小兒牙病等口腔疑難疾病的診斷、治療和技術、口腔疾病的預防保健等方面各具特色，居國內先進水平，為患者提供優質的口腔疾病診治和保健服務。

醫院還設有口腔內科、口腔頜面外科、口腔修復、口腔正畸和口腔預防5個教研室，招收碩士研究生。其中口腔頜面外科為國內首批碩士點授權單位。共承擔口腔醫學專業本科18門課程教學，臨床醫學專業的《口腔科學》課程。承擔碩士生、本科生、進修生及繼續醫學教育等多層次的教學任務。近年來獲得省部級教學成果6項、校級教學成果3項、校級教改項目8項，出版專著5部、各類教材6部。口腔教學實驗中心具有先進的仿生頭模實驗室、口腔技工工藝實驗室、形態學實驗室和口腔頜面外科-影像實驗室，為研究生、本科生的實踐教學搭建了良好的平臺。

近年來醫院承擔國家自然科學基金、“863”、省部級、市廳級科研項目60余項。投資500多萬元設立口腔醫學研究中心，從事口腔基礎醫學研究和口腔臨床醫學應用研究的工作，中心建立了設施完備的口腔“細胞與分子生物學”研究平臺。該中心可從事動物實驗、細胞培養、蛋白質和核酸大分子等方面的研究。

醫院注重與國內外高校、科研單位和醫療機構的學術交流與合作，近年來先后與美國、日本、挪威等多個國家和香港地區的學術團體及醫療機構建立了合作關系。